Agencija za obalni linijski pomorski promet je samostalna pravna osoba, osnovana 1. listopada 2006. godine temeljem Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu kojega je Sabor Republike Hrvatske donio 10. ožujka 2006. godine.

Cilj utemeljenja Agencije je stvaranje glavnog regulatornog tijela Republike Hrvatske o svim pitanjima linijskog putničkoga prometa na Jadranu. Najznačajniji posao Agencije je raspisivanje javnih natječaja za dodjelu koncesija i sklapanje ugovora o prijevozu na svim državnim linijama u javnom obalnom pomorskom prometu, te nadzor nad kvalitetnim korištenjem sredstava koji se iz proračuna RH izdvajaju za održavanje pomorskih veza s otocima. Pored toga, djelatnost Agencije među ostalim obuhvaća i uspostavu i upravljanje informatičkim sustavom javnog obalnog linijskog prometa, davanje suglasnosti, objedinjavanje i objavljivanje redova plovidbe na državnim linijama, davanje suglasnosti na redove plovidbe u međunarodnom linijskom pomorskom prometu te davanje suglasnosti za obavljanje javnog linijskog prijevoza bez obveze javne usluge.

Pomorskim zakonikom i Zakonom o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu Agencija je određena kao tijelo nadležno i za provedbu odredaba Uredbe (EU) br.1177/2010 Europskog parlamenta i vijeća od 24. studenoga 2010. o pravima putnika kada putuju morem ili unutarnjim plovnim putovima i o izmjeni Uredbe (EZ) br. 2006/2004. Time je Agencija imenovana kao NEB (National Enforcement Body), nacionalno tijelo odgovorno za izvršenje predmetne Uredbe.

Tijekom pregovora o pristupanju Republike Hrvatske Europskoj uniji ukazano je na potrebu osnivanja regulatornog tijela kako bi se kroz njegovo djelovanje osigurala efikasnost, transparentnost i nadzor nad koncesioniranjem i subvencioniranjem javnog obalnog linijskog pomorskog prometa.

Radom Agencije upravlja Upravno vijeće koje, sukladno odredbama važećeg Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu (NN 33/06, 38/09, 87/09, 18/11, 80/13 i 56/16), čine predsjednik i četiri člana koje na prijedlog ministra mora, prometa i infrastrukture imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske. Mandat predsjednika i članova Upravnog vijeća je četiri godine.

Vlade Republike Hrvatske je na sjednici održanoj dana 8. prosinca 2016. godine razriješila dosadašnje Upravno vijeće Agencije koje su činili predsjednik Igor Butorac i članovi Zorica Lučić, Ksenija Koščević – Čuvalo, Hrvoje Radovanić i Radoslav Barišić. Na istoj sjednici imenovani su novi predsjednik i članovi Upravnog vijeća.

U novome sazivu Upravnog vijeća Agencije su:

Predsjednik Branimir Belančić – Farkaš, Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture

Zamjenica predsjednika Ksenija Košćević – Čuvalo, Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture

Melita Štrbić, Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture

Zvonko Šakić, Ministarstvo financija

Nikolina Klaić, Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije.

Nakon što je dugogodišnja tajnica Upravnog vijeća Paula Vidović izabrana za ravnatelja Agencije, Upravno vijeće za tajnicu je imenovalo Sandu Begović, Agencija za obalni linijski pomorski promet.