Agencija za obalni linijski pomorski promet je samostalna pravna osoba, osnovana 1. listopada 2006. godine temeljem Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu kojega je Sabor Republike Hrvatske donio 10. ožujka 2006. godine.

Cilj utemeljenja Agencije je stvaranje glavnog regulatornog tijela Republike Hrvatske o pitanjima linijskog putničkog prometa na Jadranu. Najznačajniji posao Agencije je odabir brodara temeljem provedenih javnih natječaja, koji će pružati uslugu prijevoza na državnim trajektnim, brodskim i brzobrodskim linijama u javnom obalnom linijskom pomorskom prometu, sklapanje ugovora s odabranim brodarima te nadzor nad njihovim izvršavanjem, naročito u odnosu na isplatu ugovorene potpore odnosno naknade za javnu uslugu brodaru te uplatu naknade za dodijeljenu koncesiju kao i nadzor nad korištenjem sredstava koji se iz proračuna Republike Hrvatske izdvajaju za održavanje pomorskih veza s otocima. Pored toga, djelatnost Agencije među ostalim obuhvaća i uspostavu i upravljanje informatičkim sustavom javnog obalnog linijskog prometa, davanje suglasnosti, objedinjavanje i objavljivanje redova plovidbe na državnim linijama, davanje suglasnosti na redove plovidbe u međunarodnom linijskom pomorskom prometu te davanje suglasnosti za obavljanje javnog linijskog prijevoza bez obveze javne usluge.

Pomorskim zakonikom i Zakonom o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu Agencija je određena kao tijelo nadležno i za provedbu odredaba Uredbe (EU) br.1177/2010 Europskog parlamenta i vijeća od 24. studenoga 2010. o pravima putnika kada putuju morem ili unutarnjim plovnim putovima i o izmjeni Uredbe (EZ) br. 2006/2004. Time je Agencija imenovana kao NEB (National Enforcement Body), nacionalno tijelo odgovorno za izvršenje predmetne Uredbe.

Tijekom pregovora o pristupanju Republike Hrvatske Europskoj uniji ukazano je na potrebu osnivanja regulatornog tijela kako bi se kroz njegovo djelovanje osigurala efikasnost, transparentnost i nadzor nad dodjelom prava obavljanja usluge javnog prijevoza s obvezom javne usluge u obalnom pomorskom prometu i isplatom naknade za obavljanje javne usluge.

Radom Agencije upravlja Upravno vijeće koje, sukladno odredbama važećeg Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu, čine predsjednik i četiri člana koje na prijedlog ministra mora, prometa i infrastrukture imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske. Mandat predsjednika i članova Upravnog vijeća je četiri godine.

Ravnateljica Agencije je Paula Vidović koja je dužnost preuzela dana 29. rujna 2017. godine. Mandat ravnatelja je četiri godine.